1．色谱柱的长度越长，柱效越高，分离度也越高，但两者并不成线性关系。分离度与色谱柱长度的平方根成正比，所以色谱柱长度增大两倍，分离度增大约40%。不过，色谱柱长度增加，保留时间也会增大。色谱柱长度增大两倍，分析时间也增大二倍。一般来说，推荐使用最短的色谱柱进行分离试验。
2. 当不知道最佳柱长时，尝试使用25 ～30m长的色谱柱。
3. 10-15m 长的色谱柱适合于分离含有很容易分离的溶质混合物，或者分离为数不多的溶质混合物，较短的柱长用于直径很小的色谱柱，以便降低柱头压力。
4. 当使用其他方法（小内径柱，不同的固定液，改变柱温）不能达到分离度时，就使用50 ～ 60m长的色谱柱。它最适合于分离含有多组分的复杂混合物，长柱需要的分离时间长，费用也高。